Perník je bezprostředně po upečení velmi náchylný k deformování. Drobnější perníčky proto sundáme z horkého plechu co nejdříve a vyrovnáme na rovnou podložku nebo speciální rošty.
Větší tvary
Větší tvary ponecháme asi 5 minut na plechu, abychom při manipulaci s nimi nepoškodili “naleštěný” povrch, potom opatrně přendáme opět na rovnou desku nebo podložku. Po částečném prochladnutí jim pak prospěje, otočíme-li je spodní stranou nahoru a necháme vystydnout v této poloze. V tom případě používáme výhradně dřevěnou podložku případně pečicí plech, protože kovový rošt by do měkkého povrchu perníčků vytlačil nežádoucí rýhy. Zabráníme tak případnému prohýbání okrajů větších perníků. Zvlášť se to vyplatí u velkých dílů na chaloupky, u podkov, hvězd nebo kruhových základů adventních věnců. Můžeme si pomoci i následujícím způsobem: dokonale vychladlé díly na jeden či dva dny zatížíme, tzn. položíme je na rovnou podložku nebo plech spodní stranou nahoru a překryjeme dalším plechem.
3D
Tvary pečené na speciálních 3D formičkách (vajíčka, srdíčka, vánoční kouličky) na nich necháme asi 5 minut chladnout, pak opatrně sejmeme a položíme k dochladnutí nejlépe na speciální rošt.
Při tvarování na velkých 3D formách, které se používají např. na pečení kazet, postupujeme následovně: upečený díl i s formou postavíme na rošt a necháme 10 - 15 minut prochladnout. Poté otočíme, položíme na čistou rovnou podložku a formu z perníku opatrně vyndáme. Po několika minutách studenou formu vlož perníkem nahoru a necháme dokonale vychladnout. Tím docílíme krásného pevného tvaru bez nežádoucích deformací.
Zápichy
Chceme-li si připravit oblíbené zápichy, čili perníčky na špejli, uděláme to ihned po upečení. Připravíme si rovnou podložku, ideální je dřevěné prkénko, a špejle s ostrou špičkou. Motivy určené k napíchnutí přendáme hned po dopečení (tzn. ještě horké) na podložku, každý jednou rukou přidržíme a druhou do něj opatrně zasuneme špejli (špičkou napřed) do hloubky 2 - 4 cm. Chladnoucí perník ke špejli pevně přilne a zápichy tak perfektně drží. Vychladnout je můžeme nechat buď naležato na roštu nebo je hned nastojato vkládat do vhodné stabilní sklenice.
Upečené perníčky necháme jeden den (cca 24 hod) volně na vzduchu tzv. “vydýchat”. Pak je naskládáme do uzavíratelných papírových nebo plastových krabic. Menší tvary skládáme nastojato, větší uskladníme vodorovně, abychom předešli jejich případnému prohýbání či jiné deformaci. Vždy dbáme na to, aby ukládané kousky byly dokonale vychladlé, předejdeme tak jejich případnému nežádoucímu slepení. Jednotlivé vrstvy můžeme také proložit pečícím papírem.
Perníčky nikdy nezdobíme hned po upečení. Riskovali bychom totiž, že budou pod polevou ještě poněkud “pracovat”, zdobení nebude dobře držet a poleva se začne loupat. Výjimkou mohou být snad jenom kousky určené k okamžité konzumaci, u kterých po nazdobení nepředpokládáme uložení delší než několik dní.
Zdobíme tedy nejdříve následující den po upečení, ještě lepší je zdobit (zvláště větší a velké perníky) až po dvou či třech dnech.